上海市腫瘤研究所成立于1958年，屬上海市衛(wèi)生局領導的獨立研究機構。1980年經世界衛(wèi)生組織（WHO）確認為世界衛(wèi)生組織癌癥研究合作中心之一。1985年經國家計委批準建立癌基因及相關基因國家重點實驗室。1996年由國家科委與上海市科委共建基因治療研究中試上�；�地。2003年經教育部批準，由上海市衛(wèi)生局與上海交通大學共建上海交通大學腫瘤研究所。
　　研究所的科研運行機制是研究組長負責制，現(xiàn)有腫瘤流行病學研究室和癌基因與相關基因國家重點實驗室，以及腫瘤功能基因研究組、腫瘤轉移研究組、腫瘤表觀遺傳學研究組、腫瘤分子病理研究組、腫瘤生物治療研究組、干細胞微環(huán)境研究組、腫瘤免疫調節(jié)研究組、腫瘤分子診斷研究組、腫瘤干細胞研究組、腫瘤靶向治療研究組、腫瘤基因組不穩(wěn)定性研究組和實驗病理研究組等十三個課題組。全所現(xiàn)有工作人員119人，其中科技人員106人，有中國工程院院士3人，具高級職稱者23人。
　　研究所的方向和任務主要是惡性腫瘤的流行病學與病因學研究，腫瘤發(fā)病機理的探索以及發(fā)展基因診斷和基因治療、細胞及免疫學診斷和治療等生物高科技基礎及應用研究，探索腫瘤防治的新途徑。癌基因與相關基因國家重點實驗室的主攻方向是研究與確定與癌發(fā)生發(fā) 展相關的癌基因、抑癌基因及其它調控細胞生長的基因群，同時利用系統(tǒng)生物學理論來研究在癌發(fā)生發(fā)展的分子機理及診斷、防治癌的新途徑。各研究室擁有一批先進的科學儀器設備，具有較好的研究實驗條件。先后與一些市級綜合性醫(yī)療單位、中國科學院生化、細胞研究所、復旦大學、交通大學、肝癌高發(fā)現(xiàn)場（啟東、扶綏）等建立了科研合作關系。
　　“八五”以來，我所先后承擔的國家項目有：“八六三”高新技術、國家重點基礎研究973）項目、國家攻關項目、國家自然科學基金重大項目等。此外，我所還與國內外著名的大學、研究所聯(lián)合申請課題，進行了多項國際合作研究。例如，與美國國立衛(wèi)生院（NIH）/國立癌癥研究所（NCI）合作，在上海市區(qū)開展大規(guī)模全人群流行病學調查。全所先后共發(fā)表1000余篇學術論文，取得重要成果68項，授權國家專利70項、國際專利4項。培養(yǎng)了博士后、博士、碩士等大批科研人才。
　　研究所與國內外交往非常密切，歷年來已與20多個國家和地區(qū)的科技人員進行了學術交流，還聘請了多位國外著名專家任研究室顧問。所內研究人員也經常應邀前往世界許多國家和地區(qū)參加國際性學術會議、考察訪問和合作研究等。
　　研究所自1979年起開始招收生物化學及免疫學專業(yè)碩士研究生，學位由第二醫(yī)科大學授予；1983年-1987年又掛靠在上海醫(yī)科大學公共衛(wèi)生學院招收和培養(yǎng)流行病學與衛(wèi)生統(tǒng)計學專業(yè)碩士研究生；自1992年起研究所開始掛靠在復旦大學研究生院招收博士、碩士研究生； 2004年起研究所同時在上海交通大學醫(yī)學院研究生院招生培養(yǎng)腫瘤學專業(yè)博士和碩士研究生。至今已培養(yǎng)和畢業(yè)了170名研究生。目前共有研究生導師11名（博士生導師7名、碩士生導師4名），招生專業(yè)為病原生物學、流行病學與衛(wèi)生統(tǒng)計學和腫瘤學。
　　負責主辦的《腫瘤》雜志創(chuàng)刊于1981年，自1985年以來列為國家核心期刊之一， 2006年由雙月刊改為月刊。